ساختار جامع نظام آموزشی دبستان ولایت مطهر فراگیری کامل محتوای کتاب‌های درسی به‌طور عمیق و پایدار همراه با رشد و تعالی باورها و اعتقادات دینی دانش‌آموزان از طریق شیوه‌های نوین آموزشی برمبنای طرح درس‌های تلفیقی می‌باشد.

پژوهش‌محوری، مشارکت فعال دانش‌آموزان در کلاس، فضاسازی آرام و بانشاط با بهره‌گیری از بازی‌های متنوع آموزشی همراه با قصه‌گویی و کتاب‌خوانی برای تبیین بهتر مطالب درسی، اجرای نمایش و ایفای نقش توسط دانش‌آموزان، کار عملی و استفاده از رسانه‌های کمک آموزشی مانند: فیلم، عکس، لوح‌های آموزشی و ... ، ایجاد بستر آموزشی مناسب برای خودیادگیری، خودارزیابی و خوداصلاح‌گری، فراهم نمودن فضای باغچه، آموزش و تمرین مهارت‌های زندگی همراه با فعالیت‌های عملی مکمل خارج از کلاس عناصر سازنده ساختار آموزشی دبستان ولایت مطهر می‌باشد.

دنبال نمودن مباحث درسی در اردوهای کلاسی جهت مواجهه واقعی دانش‌آموزان با محیط پیرامون، ارتباط حسی با طبیعت و درک عمیق همراه با شکوفایی استعدادها و پرورش خلاقیت‌های فکری و عملی دانش‌آموزان، برگزاری اردوهای فرهنگی و جشن‌های مذهبی و ملی، برگزاری برنامه‌های صبحگاهی مفید و بانشاط، ایجاد انگیزه و علاقه‌مند نمودن دانش‌آموزان به مطالعه کتاب از طریق تمهیدات لازم و فضاسازی‌های مناسب در مدرسه و ایجاد انگیزه و پرورش دانش‌آموزان به انجام کار گروهی و کسب مهارت برای اجرای امور مدرسه نیز از دیگر راهبردهای آموزش تربیتی این مجموعه می‌باشد که امید است به حول و قوه الهی بتوانیم برمبنای فلسفه تعلیم و تربیت اسلامی حرکت نوگلانمان به سمت حیات طیبه (زندگی فردی و اجتماعی مطلوب اسلامی) را شاهد باشیم.